CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag）是替換傳統(tǒng)的ChIP-Seq用以研究DNA與蛋白互作的革新技術(shù)。在實(shí)驗(yàn)過(guò)程中無(wú)需甲醛交聯(lián)、超聲打斷、末端修復(fù)和連接接頭等操作，通過(guò)對(duì)細(xì)胞預(yù)處理、免疫共沉淀、文庫(kù)構(gòu)建等關(guān)鍵過(guò)程進(jìn)行技術(shù)改進(jìn)，對(duì)ChIP-Seq技術(shù)進(jìn)行全面革新，成為DNA-蛋白互作研究的最佳選擇。
技術(shù)路線
實(shí)測(cè)數(shù)據(jù)
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
1.無(wú)需甲醛交聯(lián)，去交聯(lián)、DNA打斷、標(biāo)記，實(shí)驗(yàn)周期更短；
2.信噪比更高，細(xì)胞需求量大大降低；
3.重復(fù)性好，信號(hào)富集強(qiáng)；
4.能對(duì)極少量細(xì)胞甚至單細(xì)胞進(jìn)行分析。
技術(shù)應(yīng)用
1.蛋白質(zhì)-DNA互作研究；
2.檢測(cè)基因組上的組蛋白修飾，鑒定超級(jí)增強(qiáng)子；
3.檢測(cè)基因組的開(kāi)放染色質(zhì)，鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合圖譜；
4.繪制核小體，RNAPII等蛋白的染色質(zhì)圖譜。
案例解析
ATAC-seq + CUT&Tag聯(lián)合應(yīng)用，揭示腫瘤免疫逃逸新機(jī)制:
2020年1月13日，北京大學(xué)系統(tǒng)生物醫(yī)學(xué)研究所尹玉新課題組在國(guó)際免疫學(xué)領(lǐng)域期刊Nature immunology（IF：23.53）在線發(fā)表了題為T(mén)he phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity[1]的研究論文，采用ATAC-seq和 CUT&Tag測(cè)序，揭示了磷酸酶PAC1作為T(mén)淋巴細(xì)胞功能抑制因子，減弱宿主細(xì)胞免疫監(jiān)視功能，促進(jìn)腫瘤免疫逃逸的作用機(jī)制；抑制PAC1通路，可以激活T淋巴細(xì)胞的防御功能。該研究利用ATAC-seq數(shù)據(jù)得到染色質(zhì)開(kāi)放性的動(dòng)態(tài)變化，聯(lián)合CUT&Tag或ChIP-seq（DNA-蛋白質(zhì)互作研究金標(biāo)準(zhǔn)）分析，進(jìn)一步明確調(diào)控某一生物學(xué)過(guò)程的關(guān)鍵因子（包括順式調(diào)控元件和轉(zhuǎn)錄因子等）的作用方式，為腫瘤治療提供了潛在的新型藥物靶點(diǎn)，具有重要意義。
PAC1在ROS介導(dǎo)的腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞功能障礙中的作用模型
[1]Dan Lu, Liu L, Sun Y, Song J, Yin Q, Zhang G, Qi F, Hu Z, Yang Z, Zhou Z, Hu Y, Zhang L, Ji J, Zhao X, Jin Y, McNutt MA, Yin Y. The phosphatase PAC1 acts as a T cell suppressor and attenuates host antitumor immunity. Nat Immunol. 2020 Mar;21(3):287-297. doi: 10.1038/s41590-019-0577-9. Epub 2020 Jan 13. PMID: 31932812.
