ABOUT HUAYIN
染色質(zhì)免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是在體內(nèi)環(huán)境中研究蛋白質(zhì)與DNA相互作用的經(jīng)典實(shí)驗(yàn)方法，廣泛應(yīng)用于組蛋白修飾、特定轉(zhuǎn)錄因子的基因調(diào)控作用等相關(guān)領(lǐng)域。隨著新一代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展和成熟，染色質(zhì)免疫沉淀實(shí)驗(yàn)與高通量測(cè)序的整合——ChIP-seq，可在全基因組范圍對(duì)蛋白結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行高效而準(zhǔn)確的篩選與鑒定，同時(shí)也為研究的深入開(kāi)展打下基礎(chǔ)。 采用特異性抗體對(duì)目的蛋白進(jìn)行免疫沉淀后，分離與其結(jié)合的基因組DNA片段，再通過(guò)高通量測(cè)序與數(shù)據(jù)分析，在全基因組范圍內(nèi)尋找目的蛋白的DNA結(jié)合位點(diǎn)，并且可以基于多個(gè)樣品進(jìn)行差異比較。 1、實(shí)驗(yàn)方案 測(cè)序策略：Illumina NextSeq 500 SE50 數(shù)據(jù)量：20M clean reads 2、數(shù)據(jù)分析 2.1 標(biāo)準(zhǔn)信息分析 （1）與參考序列比對(duì) （2）Peak分析 （3）Peak在基因功能元件上的分布 （4）Peak相關(guān)基因分析 （5）Peak相關(guān)基因的GO功能顯著性富集分析 （6）Peak相關(guān)基因的Pathway功能顯著性富集分析 （7）鑒定樣品間差異Peak （8）樣品間差異Peak的基因功能元件分布 （9）樣品間差異Peak相關(guān)基因分析 （10）樣品間差異Peak相關(guān)基因的GO功能顯著性富集分析 （11）樣品間差異Peak相關(guān)基因的Pathway功能顯著性富集分析 （12）motif結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè) 3、技術(shù)流程 4、案例分析 案例（1）FOXO轉(zhuǎn)錄因子作用位點(diǎn)特征 FOXO轉(zhuǎn)錄因子（FOXO）是控制物種壽命的中心調(diào)控因子，但是FOXO執(zhí)行特定的細(xì)胞功能，包括成人干細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)和免疫功能。FOXO直接作用的靶點(diǎn)已經(jīng)在若干物種和細(xì)胞類(lèi)型中鑒定得到。用meta分析從組織到生物體，以及哺乳動(dòng)物，秀麗線(xiàn)蟲(chóng)和果蠅的FOXO靶向位點(diǎn)的數(shù)據(jù)。結(jié)果表明，F(xiàn)OXO作用的特定細(xì)胞是與細(xì)胞特定功能的相關(guān)的。而且FOXO在脊椎動(dòng)物和無(wú)脊椎動(dòng)物中存在相同保守區(qū)域的作用位點(diǎn)。這些與生物生長(zhǎng)，新陳代謝，抗壓力，蛋白質(zhì)平衡相關(guān)的保守區(qū)域的結(jié)合位點(diǎn)表明，這些生物可能擁有同一個(gè)祖先。 圖1 FOXO轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合組織特異性的共同靶點(diǎn) 圖2 FOXO轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合靶點(diǎn)韋恩圖和保守性分析 案例（2） 肝受體X和PPARG在癌細(xì)胞增殖不同調(diào)控機(jī)制的定義 肝受體X（LXRs，NR1H2，NR1H3）和PPAGR在HT29大腸癌細(xì)胞的信號(hào)進(jìn)行全面的，全基因組的以及各個(gè)發(fā)展階段的調(diào)控。PPAGR能夠產(chǎn)生快速的短期的回應(yīng)，并且對(duì)相應(yīng)的基因進(jìn)行活化。相對(duì)應(yīng)的，肝受體X產(chǎn)生長(zhǎng)期持久的激活功能，抑制基因活化，提供...
串聯(lián)親和純化(TAP)-質(zhì)譜鑒定 【技術(shù)簡(jiǎn)介】 （1）技術(shù)原理 串聯(lián)親和純化（tandem affinity purification, TAP）技術(shù)基本原理包括：重組構(gòu)建帶有兩種親和純化標(biāo)簽的融合靶蛋白，然后轉(zhuǎn)染到宿主細(xì)胞或組織，帶標(biāo)簽的靶蛋白表達(dá)并結(jié)合上相關(guān)蛋白質(zhì)后，利用標(biāo)簽與相應(yīng)磁珠作用，兩步純化得到相關(guān)蛋白質(zhì)。TAP技術(shù)聯(lián)合質(zhì)譜對(duì)純化后的蛋白質(zhì)進(jìn)行分析，通過(guò)生物信息學(xué)獲得的蛋白相關(guān)性可信度高，為后續(xù)的驗(yàn)證工作節(jié)省大量時(shí)間。 （2）技術(shù)應(yīng)用 TAP與質(zhì)譜技術(shù)聯(lián)用已成為一種高效且實(shí)用的方法，在生物大分子相互作用領(lǐng)域中被廣泛應(yīng)用。近些年，隨著TAP標(biāo)簽的全面改進(jìn)和質(zhì)譜技術(shù)的不斷發(fā)展，TAP-MS的靈敏度與專(zhuān)一性得到很大提高，使得該技術(shù)得以在更多領(lǐng)域發(fā)揮重要作用，也使得我們對(duì)蛋白質(zhì)復(fù)合體進(jìn)行系統(tǒng)性研究成為可能。 【服務(wù)內(nèi)容】 構(gòu)建融合Flag-HA的誘餌蛋白真核表達(dá)載體或者慢病毒載體；載體瞬時(shí)轉(zhuǎn)染靶細(xì)胞或包裝慢病毒感染靶細(xì)胞；TAP純化互作蛋白；質(zhì)譜鑒定互作蛋白。 【客戶(hù)須知及標(biāo)本要求】 （1）客戶(hù)須明確檢測(cè)目的和具體要求，最好能提供1~2篇文獻(xiàn)或資料。 （2）SDS-PAGE條帶：考染，條帶清晰可見(jiàn)；蛋白質(zhì)溶液：蛋白質(zhì)總量>5μg/μl。 （3）蛋白洗脫液：定量并計(jì)算總蛋白量，真空干燥后，密封好管口，冰袋包裝寄送。 （4）蛋白質(zhì)條帶（考染）：從凝膠上割取條帶時(shí)，避免污染，將條帶放入EP管內(nèi)，密封好管口，冰袋包裝寄送。
目前，集團(tuán)擁有Illumina NextSeq 500、HiSeq 3000、MiSeq和Ion torrent等高通量測(cè)序儀組成的大規(guī)模高通量測(cè)序服務(wù)平臺(tái)，可以提供涵蓋基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀遺傳學(xué)、免疫組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)等各種測(cè)序服務(wù)和高級(jí)生物信息分析服務(wù)。 NextSeq 500和MiSeq是Illumina公司醫(yī)學(xué)領(lǐng)域主流的測(cè)序平臺(tái)組合。NextSeq 500能夠在高產(chǎn)量運(yùn)行模式和快速周轉(zhuǎn)運(yùn)行模式下靈活轉(zhuǎn)換，兩者的數(shù)據(jù)產(chǎn)量分別為30G、120G。MiSeq系統(tǒng)能夠在8小時(shí)內(nèi)從起始樣本得到分析數(shù)據(jù)，是唯一一臺(tái)集擴(kuò)增、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析于一身的新一代測(cè)序儀，每次運(yùn)行能產(chǎn)生7G數(shù)據(jù)。Ion torrent平臺(tái)是基于半導(dǎo)體技術(shù)的臺(tái)式高通量測(cè)序儀，能根據(jù)反應(yīng)池中的PH的變化快速“讀”出DNA序列，具有簡(jiǎn)單、快速、準(zhǔn)確、靈活和低成本等顯著優(yōu)勢(shì)。
目前，集團(tuán)高通量檢測(cè)平臺(tái)擁有Illumina NextSeq 500、HiSeq 3000、MiSeq和Ion torrent等高通量測(cè)序儀組成的大規(guī)模高通量測(cè)序服務(wù)平臺(tái)，可提供涵蓋exosome miRNA、exosome lncRNA、exosome circRNA在內(nèi)的外泌體組學(xué)服務(wù)以及基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、微生物組學(xué)、表觀組學(xué)、免疫組學(xué)、核酸與蛋白互作組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)等各種測(cè)序服務(wù)和高級(jí)生物信息分析服務(wù)。
目前，華銀中心擁有Illumina NextSeq 500、HiSeq 2500、MiSeq和Ion torrent等高通量測(cè)序儀組成的大規(guī)模高通量測(cè)序服務(wù)平臺(tái)，可以提供涵蓋基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀遺傳學(xué)等各種測(cè)序服務(wù)和高級(jí)生物信息分析服務(wù)。 NextSeq 500和HiSeq 2500平臺(tái)是Illumina公司2014年最新推出的強(qiáng)大而高效的測(cè)序系統(tǒng)。它們能夠在高產(chǎn)量運(yùn)行模式和快速周轉(zhuǎn)運(yùn)行模式下靈活轉(zhuǎn)換，兩者的數(shù)據(jù)最大產(chǎn)量分別為120G、600G。MiSeq系統(tǒng)能夠在8小時(shí)內(nèi)從起始樣本得到分析數(shù)據(jù)，是唯一一臺(tái)集擴(kuò)增、測(cè)序和數(shù)據(jù)分析于一身的新一代測(cè)序儀，每次運(yùn)行能產(chǎn)生7G數(shù)據(jù)。Ion torrent平臺(tái)是基于半導(dǎo)體技術(shù)的臺(tái)式高通量測(cè)序儀，能根據(jù)反應(yīng)池中的PH的變化快速“讀”出DNA序列，具有簡(jiǎn)單、快速、準(zhǔn)確、靈活和低成本等顯著優(yōu)勢(shì)。
